蛋白質結構的推測與測定
1、一級結構測定　
蛋白質一級結構的測定又稱蛋白質順序分析，其基本方法是：①應用化學裂解法和蛋白酶水解法將多肽鏈專一性裂解。②逐一測定每個純化的小肽段的順序。③根據肽段氨基酸順序中的重疊區確定小肽段的排列次序。④完成整條多肽鏈的順序分析。
盡管蛋白質順序分析已經自動化，但仍然耗時、復雜并且昂貴。重組DNA技術出現后，人們可以從cDNA或基因序列直接推導出蛋白質的氨基酸順序，速度快且經濟，已成為zui常用的測定蛋白質一級結構的方法。　
2、蛋白質結構預測　
蛋白質三維結構很大程度上決定了蛋白質的功能，目前應用X射線晶體衍射圖譜法和核磁共振法已測定出1萬多種蛋白質及其復合物的結構，但與已測得的30多萬種蛋白質序列相比，還有很大的差距，大大地影響了人們對蛋白質結構和功能關系的研究。因此發展一種不依賴實驗而又有一定準確性的蛋白質結構預測方法顯得格外重要，近年來在這個方面取得了很多重要的成果。　
蛋白質結構的理論預測方法都是建立在氨基酸的一級結構決定結構的理論基礎上，大致分為以下三類。　
（1）比較建模法又稱為同源結構預測，是根據大量已知的蛋白質三維結構來預測序列已知而結構未知的蛋白質結構。　
（2）反向折疊法反向折疊法是近年來發展起來的一種比較新的方法。它可以應用到沒有同源結構的情況下，且不需要預測二級結構，直接預測三級結構，從而可以繞過現階段二級結構預測準確性不超過65％的限度，是一種有潛力的預測方法。　
（3）從頭預測法從理論上說，從頭預測法是zui為理想的蛋白質結構預測方法。它要求方法本身可以只根據蛋白質的氨基酸序列來預測蛋白質的二級結構和結構，但現在還不能*達到這個要求。　
根據對天然蛋白質結構與功能分析建立起來的數據庫里的數據，可以預測一定氨基酸序列肽鏈空間結構和生物功能；反之也可以根據特定的生物功能，設計蛋白質的氨基酸序列和空間結構。通過基因重組等實驗可以直接考察分析結構與功能之間的關系。　
3、蛋白質三維結構實驗測定　
根據蛋白質的狀態，測定蛋白質三維結構的方法分為兩大類：①應用X射線晶體衍射圖譜法和中子衍射法測定晶體中的蛋白質分子構象。②應用核磁共振法、園（圓）二色性光譜法、激光拉曼光譜法、熒光光譜法、紫外差光譜法和氫同位素交換法等測定溶液中的蛋白質構象。　
其他方法可以測定溶液中蛋白質分子的局部構象，但很難獲得蛋白質分子完整的三維結構，在應用上存在較大的局限性。