枯草芽孢桿菌對植物的作用主要體現在以下幾個方面：
1、營養和空間位點的競爭
枯草芽孢桿菌的競爭作用主要包括營養競爭和空間位點競爭。可以在植物根際、體表或體內及土壤中快速、大量繁衍和定殖，有效地排斥、阻止和干擾植物病原微生物在植物上的定殖與侵染，從而達到抑菌和防病的效果。
競爭作用的意義：拌種或灌根后，枯草芽孢桿菌能夠通過植物導管傳導到地上部分而在作物根表、根內、莖部、葉部等部位定殖和繁殖，保護作物根部不受病菌侵染、抑制作物體內病原菌擴散，從而達到防病作用。
2、產生抑菌物質
枯草芽孢桿菌在生長過程中能產生多種具有抑菌、溶菌作用的物質，如枯草菌素、有機酸、抗菌蛋白等等，這些物質可以抑制病原菌的生長和繁殖，甚至破壞細菌結構，殺死病原菌。因此，枯草芽孢桿菌對于重茬病、根腐病、灰霉病等疾病防治效果很好。
殺菌作用：枯草芽孢桿菌在作物根表、根內、莖部、葉部等部位定殖和繁殖過程中，能產生脂肽類和蛋白類等殺菌物質，從而殺死作物病原菌，達到防病效果。
3、增強免疫、促進生長
枯草芽孢桿菌可以分泌活性物質，激活植物防御系統，增強作物的免疫力與抗病性，減輕或消除病原菌對植株的危害。
還可促進多種植物種子、幼苗和根系的生長發育，增強了植物的抗病性，從而間接地減少病害發生。如增加吲哚乙酸等生長素的形成，刺激作物根系發育，增強光合作用。同時將土壤中難吸收的物質轉化為易于作物吸收的物質，促進作物對營養物質的吸收利用，提高肥料利用率。
促生作用：枯草芽孢桿菌具有解磷作用，可以將土壤中無效磷轉化為能被作物吸收的有效磷，促進作物根系及植株生長，提高了作物的抗病性。
4、誘導植物產生抗性
枯草芽孢桿菌不但能直接抑制植物病原菌，而且能通過誘發植物自身的抗病潛能從而增強植物的抗病性。如水稻紋枯病生防菌枯草芽孢桿菌，能誘導水稻葉鞘細胞抗病相關的酶（POD、PPO和SOD）活性增強，達到抗病效果。
5、改善土壤結構
枯草芽孢桿菌在土壤中形成益生菌環境，促進團粒結構形成，提高土壤保肥保水能力，增加土壤疏松度，促進根系生長。具體表現在，加速養料礦質化，將養分由無效態和緩效態變為有效態和速效態。同時，加速養料腐殖化，分泌植酸酶，降解土壤中大部分的植酸鹽；產生生長素，刺激作物生長，提高種子的成活率和出苗率。
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