SNPs檢測方法

定義

單核苷酸多態性（ single nucleotide olymorphisms ,SNPs），主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態性。

SNPs的研究意義

遺傳標記

具有已知性、可遺傳性、可檢測性，用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。

基因多態與疾病相關性

研究SNPs 本身對機體的影響，尤其是疾病的易感性、個性化醫療。

SNPs檢測方法的分類

1、測序方法：常規測序， Pyrosequencing（焦磷酸測序），微測序（SNaPshot）

2、基于雜交的方法：Taqman 探針法，Microarray 芯片法，

3、引物延伸：MALDI-Tof，dHPLC（變性液相色譜技術）

4、以構象為基礎的方法：RFLP，SSCP，DGGE

5、溶解曲線：HRM（高分辨率溶解曲線分析技術）

溶解曲線

1、溶解曲線----HRM技術

步驟：

序列比對---引物設計--- DNA 提取---熒光染料（EvaGreen 或LC green）PCR ---結果分析。

優點：

高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度；

閉管檢測，避免污染造成的假陽性；

可檢測已知和未知SNP；<400bp擴增產物內SNP，靈敏度和度100%。

與傳統的擴增后需借助額外的儀器進行凝膠電泳的非均一性的突變檢測（例如dHPLC）相比，HRM提供了更高特異性和靈敏度的檢測，同時允許了更高的樣本檢測通量，大大降低了成本。

缺點：

如LightCyclerTM 480 PCR 儀，或LightScanner 等少量儀器可以使用。專業技術要求高，需要專業人員操作。

HRM檢測成本構成：

 DNA提取費用；

 PCR反應費用；

 熒光染料Evagreen費用（較低）。

HRM檢測SNP特點：

檢測成本zui低；

*真正實現高通量的SNP檢測方法，人工成本zui低；

*閉管操作，步驟zui少，可靠性*